งานวิจัยในปัจจุบันของคณะประมงมีทั้งหมด 6 กลุ่มวิจัย ซึ่งได้แก่ 1) การเพาะเลี้ยงและอาหารสัตว์น้ำ 2) ชีววิทยาประมง 3) เทคโนโลยีหลังการเก็บเกี่ยวและผลิตภัณฑ์ประมง 4) เทคโนโลยีชีวภาพ 5) การจัดการประมง 6) สิ่งแวดล้อมทางน้ำ โดยแต่ละกลุ่มวิจัยมีบุคลากรด้านการวิจัยที่มีความสามารถและประสบการณ์จำนวนมาก สำหรับรายละเอียดของแต่ละกลุ่มวิจัยมีดังนี้