คณะประมง ก่อตั้งพร้อมกับการสถาปนามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2486 เพื่อเป็นสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษา ในการผลิตบัณฑิต สร้างงานวิจัย และให้บริการแก่สังคม ด้านการประมง การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ วิทยาศาสตร์ทางน้ำ เทคโนโลยีการเก็บรักษาและแปรรูปสัตว์น้ำ และผลิตภัณฑ์จากสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ในแหล่งน้ำ ในระยะแรกคณะประมงมีที่ทำการอยู่ชั้นล่างของอาคารบริเวณทางด้านทิศใต้ของคณะวนศาสตร์ ซึ่งปัจจุบันเป็นที่ตั้งของสถาบันวิจัยพืชไร่ ต่อมาในปี พ. ศ. 2501 ได้รับงบประมาณก่อสร้างตึกคณะประมงหลังแรก บริเวณด้านถนนพหลโยธิน และได้ย้ายเข้ามาปฏิบัติงานอยู่ในตึกหลังนี้ในปี พ.ศ. 2502 ซึ่งได้ตั้งชื่อว่า ตึกพลเทพ ตามชื่อเจ้าพระยาพลเทพ (เฉลิม โกมารกุล ณ นคร) ซึ่งเป็นเสนาบดีกระทรกระทรวงเกษตราธิการในรัชกาลของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว
ต่อมาคณะประมงได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารบริเวณถนนชูชาติกำภู และได้ย้ายมาอยู่ ณ อาคารใหม่นี้ในปี พ. ศ. 2522 ในปี พ.ศ. 2529 คณะประมงได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารภาควิชาผลิตภัณฑ์ประมงในบริเวณใกล้เคียงเพิ่มเติม และในปี พ.ศ. 2533 – 2536 ได้มีการก่อสร้างอาคารอีกส่วนหนึ่งบริเวณด้านที่ติดกับถนนวิภาวดีรังสิต เพื่อเป็นที่ทำการของภาควิชาการจัดการประมง ภาควิชาเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ และภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล ในปี พ.ศ. 2544 คณะประมงได้รับงบประมาณเพื่อดำเนินการก่อสร้างอาคารโรงงานต้นแบบแปรรูปสัตว์น้ำ และอาคารเรียนและปฏิบัติ การหลังใหม่ บริเวณด้านที่ติดกับถนนวิภาวดีรังสิต ซึ่งการก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อปี พ.ศ. 2548 คณะประมงจึงได้ย้ายการเรียนการสอนทั้งหมดมาที่กลุ่มอาคารบริเวณด้านที่ติดกับถนนวิภาวดีรังสิต คณะประมงได้ตั้งชื่ออาคารใหม่ว่าอาคารบุญอินทรัมพรรย์ เพื่อเป็นเกียรติแก่ศาสตราจารย์บุญ อินทรัมพรรย์ คณบดีท่านแรกของคณะ
ในปัจจุบันพื้นที่การเรียนการสอนการวิจัยของคณะประมงในวิทยาเขตบางเขนจะอยู่รวมกันทั้งหมดที่บริเวณด้านทิศเหนือติดกับถนนวิภาวดีรังสิตและคลองบางเขน
